Una de las obras maestras de San Fermo es el gran fresco con el Bautismo de Jesús, que data del año 1150 aproximadamente. Se inspira en un estilo antiguo, todavía orientalizante, con las líneas marcadas que definen los rostros y el drapeado de los ropajes.
La obra llegó en condiciones casi perfectas hasta la actualidad, porque fue redescubierta recién en 1984, debajo de otro fresco que lo recubría y que, a la postre, se desprendió y ubicó en otro sitio. En el lado izquierdo del pilar, se encuentra el fresco de la Virgen de la Leche, en compañía de santa Elena y el emperador Constantino. En el transepto, a la izquierda, se conserva la lápida de la tumba de fray Daniele Gusmerio, quien en el siglo XIV fue el promotor de la reconstrucción franciscana de la iglesia. En el cascarón absidal, observe los colores intensos del fragmento del fresco del siglo XIV, con un Cristo en la almendra entre dos Evangelistas.
