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En la zona del presbiterio, el visitante notará que la decoración es más moderna que la de los frescos de los pilares: los motivos ornamentales geométricos y vegetales se remontan al siglo XVI. No obstante, todavía quedan vestigios de la decoración benedictina original en la absidiola de la izquierda: en el centro, contra un fondo azul, está representado Cristo Juez.
A su lado, el arcángel Gabriel acompaña a dos almas. Alberga la escena un llamativo motivo de rombos. En la bóveda anterior se nos aparece el cordero místico con los cuatro Evangelistas, pintados al fresco por Liberale da Verona en el siglo XVI. Alrededor del altar, a través de las rejas del piso podemos observar los restos de los cimientos de la iglesia paleocristiana (de los siglos V y VI). Detrás del altar, habían estado enterradas en una fosa las reliquias de los santos Fermo y Rústico, pero para protegerlas de las inundaciones del Adigio, en 1759, las llevaron a la iglesia superior. En la iglesia inferior, se dejó un reliquiario que contiene algunos fragmentos de los cráneos de los dos mártires. El magnífico crucifijo de madera es del siglo XIV, época en la que llegaron los frailes franciscanos.
